Reformacja jako zjawisko społeczne o charakterze religijnym miała daleko sięgające korzenie, wiązała się ściśle z warunkami społecznymi, politycznymi i ideologicznymi, jakie panowały w Europie w pierwszej połowie XVI w. Ideowo reformacja była poprzedzona przez liczne herezje średniowieczne, na czele z wiklefizmem i husytyzmem. U jej podstaw leżały rozwijające się w późnym średniowieczu (XIV, XV w.) dążenia do zerwania z formalizacją życia religijnego w ramach instytucji kościelnych, do uzupełnienia bądź nawet zastąpienia oficjalnej liturgii indywidualnymi rozmyślaniami i ascezą. W prądach tych znalazło wyraz zarówno pogłębienie rozumienia religii w szerokich kręgach społecznych, jak i rosnący brak zaufania do Kościoła, krytykowanego za skostnienie, zeświecczenie i nadużycia w jego hierarchii.
Za początek reformacji uznaje się dzień 31 października 1517 roku, kiedy to według tradycji mnich Marcin Luter, przybił na drzwiach kościoła zamkowego w Wittenberdze 95 tez przeciwko odpustom1. Tezy te w krótkim czasie uzyskały w cesarstwie duży rozgłos, ujawniając antyrzymskie postawy wśród wielu przedstawicieli społeczeństwa niemieckiego, polityków, humanistów, a nawet szlachty. W 1519 roku Luter wystąpił w publicznej debacie w Lipsku, gdzie za obronę swych tez został oskarżony o herezję. W rok później papież wydał bullę Exsurge Domine, nakazując Lutrowi ukorzyć się i odwołać swoje wypowiedzi2. Publiczne spalenie bulli zepchnęło na mnicha ekskomunikę, ale jej wykonanie okazało się trudne wobec rozgłosu i rosnącego poparcia dla Lutra w Niemczech. Również cesarz, Karol V potępił wypowiedzi reformatora wydając w 1521 roku edykt wormacki. Zagrożony represjami Luter znalazł ochronę w posiadłościach elektora saskiego, Fryderyka Mądrego. Poglądy Lutra zyskiwały coraz większe poparcie, obok mieszczaństwa i drobnej szlachty, coraz więcej książąt niemieckich sympatyzowało z reformatorem. Już w latach dwudziestych XVI wieku zaczęły się formować grupy o zdecydowanym profilu polityczno-religijnym: katolików z księciem saskim Jerzym, margrabią brandenburskim Joachimem oraz arcybiskupem morgunckim na czele i protestantów z elektorem saskim i Filipem heskim jako przywódcami3.
Osobny epizod w dziejach reformacji niemieckiej stanowiła wojna chłopska w latach
1524-25. Pogarszające się położenie chłopstwa wraz z propagandą reformacji spowodowało zwiększenie siły ruchów ludowych. Pod wodzą Thomasa Muntzera chłopi wzniecili wielkie powstanie, które rozpoczęło się w czerwcu 1524 roku pod pretekstem zniesienia pańszczyzny. W lutym 1525 roku chłopi szwabscy ujęli swe żądania w 12 Artykułach: chcieli wolnego wyboru pastorów, zniesienia małych danin i przeznaczenie dużych danin na rzecz wspólnoty, powszechnego prawa do polowania oraz zniesienia poddaństwa. Wkrótce całe Niemcy zaroiły się od band chłopskich, do których dołączyli rzemieślnicy z miast, księża i byli zakonnicy. Postępy zbrojnych oddziałów chłopskich spowodowały połączenie sił książąt protestanckich i katolickich. Chłopi adresowali swoje 12 Artykułów głównie do Lutra, który jednak całkowicie odciął się od powstańców i zdecydowanie potępił ruch chłopski. Odebrało to wszelkie nadzieje buntowników na jakąkolwiek pomoc i poparcie ze strony reformacji. 15 maja mała armia buntowników została rozbita pod Frankenhausen w Turyngii4. Do niewoli trafili przywódcy powstania, a położenie chłopstwa w Niemczech uległo drastycznemu pogorszeniu.
Na sejmie w Spirze w 1529 roku katolicy przeprowadzili uchwały zakazujące propagandy luterańskiej w krajach katolickich i gwarantujące utrzymanie katolicyzmu w księstwach luterańskich. Przeciw tym uchwałom zaprotestowało uroczyście pięciu książąt i czternaście miast co dało początek określeniu „protestanci”. Następny sejm, odbywający się z udziałem cesarza w Augsburgu, zakończył się decyzją Karola V, aby luteranie podporządkowali się woli cesarskiej w zakresie religijnym. W obliczu zagrożenia protestanci zorganizowali na przełomie 1530-31 roku Ligę Szmalkaldzką5. Była to organizacja polityczna protestantów, która szybko zdobyła poparcie za granicą. Skomplikowana sytuacja cesarstwa, wojny z Francją, zagrożenie tueckie, trudności we Włoszech i Niderlandach zmuszały Karola V do szukania chwilowych kompromisów. Dlatego też w 1534 roku został zawarty w Cadan traktat pokojowy, uznający iż najwyższy sąd Rzeszy nie będzie prowadził procesów w sprawach religijnych przeciw członkom Ligi. Wkrótce jednak sytuacja cesarza uległa polepszeniu i mógł on wystąpić czynnie przeciw protestantom. Antagonizmy wewnątrz Ligi i przejście księcia saskiego Maurycego na stronę katolicką wpłynęły na to, iż w 1546 roku cesarz ogłosił banicję przywódców Ligi. Operacje wojenne prowadzone wzdłuż Dunaju były pomyślne dla wojsk cesarskich, a śmierć przychylnych władców Francji i Anglii utrudniła członkom Ligi uzyskanie pomocy z zewnątrz. Protestanci ponieśli klęskę w bitwie pod Muhlbergiem, a ich przywódca Jan Fryderyk saski dostał się do niewoli6. Spowodowało to zaprzestanie oporu ze strony innych członków Ligi i pozwoliło Karolowi V na uchwalenie w 1548 roku Interim augsburskiego, które regulowało kwestie polityczne i religijne w Niemczech bez zwracania uwagi na jakąkolwiek opozycję.
Interim z 1548 roku było ostatnią próbą uratowania jedności religijnej Niemiec drogą kompromisu dogmatycznego i dyscyplinarnego. Spotkało się ono z silnym oporem w Niemczech Północnych spowodowanym głównie przesłankami religijnymi. Na płaszczyźnie politycznej wzmogło to jedynie partykularyzm książąt, przeciwny centralistycznym tendencjom monarchii Habsburgów. Reformacja, zwiększając uprawnienia panujących w dziedzinie religijnej, wzmacniała dodatkowo ich dążenia do niezależności. W 1555 roku siły zwolenników partykularyzmu przewyższały siły cesarskie. Ponowna zmiana frontu przez Maurycego Saskiego i jego potajemne układy z Francją sprawiły iż, Karol V nie mógł dalej prowadzić wojny i zmuszony został do prowadzenia rozmów z protestantami. Tymczasowy pokój został podpisany w Passau (1552 rok), ale ostateczne ugruntowanie sprawy religijnej miało miejsce dopiero trzy lata później w Augsburgu. 25 września 1555 roku został tam podpisany układ, który regulował pokojowe współistnienie dwóch wyznań: katolickiego i luterańskiego, z wykluczeniem wszystkich innych, nawet wyznania kalwińskiego i zwinglańskiego7. Oto jego ogólne postanowienia:
1. Panujący i wszyscy, którzy posiadają suwerenną władzę mogą korzystać z wolności sumienia w granicach obu wyznań. Żadne państwo wchodzące w skład cesarstwa nie może napadać na inne pod pretekstem obrony sprawy religii.
2. Poddani mają prawo wyboru jednej z dwóch uznawanych religii, ale w przypadku, gdyby wybrana religia nie była religią ich panującego zmuszeni zostaną do emigracji do innego państwa, gdzie ich religia jest panująca. 8
Postanowienia te nie były uznawane za prowizoryczne, ale uważano je za stałe i ostateczne. Wolność wyznania przysługiwała książętom, natomiast nie dano jej poddanym. Panujący został uznany za głowę religii z prawem do narzucania jej swym poddanym pod karą wygnania. Utarła się zasada: "do kogo należy ziemia, do tego należy religia" (cuius regi, eius religio), a miejsce dawnej jedności religijnej Niemiec zajęło istnienie obok siebie państw katolickich i państw luterańskich. Pokój augsburski oznaczał jedynie przerwę w walkach, bowiem się brał on pod uwagę żadnych nowych sił, które miały wkrótce jeszcze bardziej skomplikować sytuację religijną w kraju. Reformacja luterańska w Niemczech rozwijała się bardziej jako zjawisko polityczne niż religijne. Przystępowali do niej książęta, podporządkowując sobie kler i zagarniając dobra kościelne, przystępowali biskupi, sekularyzując swe biskupstwa i zamieniając je w dziedziczne księstwa świeckie. W momencie największego rozprzestrzenienia się luteranizmu w 1648 roku większa część północnych, środkowych oraz wschodnich Niemiec znalazła się pod panowaniem nowego wyznania. Równowaga sił, jaka nastąpiła po pokoju augsburskim nie pomogła jednak w utrwaleniu stosunków ustalonych w 1555 roku. Wśród protestantów w zachodnich Niemczech zaczął zdobywać wysoką pozycję kalwinizm, zaprowadzony oficjalnie w Palatynacie Reńskim przez palatyna Fryderyka IV, a w obozie katolickim zaczęła narastać kontrreformacja, która przyniosła za sobą pierwsze próby odzyskania utraconych uprzednio przez katolików pozycji.