Fakt prawnych gwarancji udzielonych Żydom przez władze nie oznaczał, że mogli się czuć oni w Polsce pełnoprawnymi obywatelami. Nadal pokutowały stare zwyczaje wyniesione z okresu zaborów, kiedy to eliminowano Żydów z życia społecznego. Do głosu dochodziły gdzieniegdzie także silne tendencje antyżydowskie wyrastające z gruntu tradycyjnego antysemityzmu katolickiego, gospodarczego, a nierzadko nawet faszystowsko-nacjonalistycznego. Już w okresie formowania się państwowości niepodległej Polski doszło do dwu pogromów we Lwowie w 1918 r. i w Pińsku w 1919 r., na tle posądzeń o sympatie proukraińskie i prokomunistyczne. Ataki antysemickie wzmogły się po zakończeniu wojny polsko-sowieckiej, kiedy to oskarżano Żydów o zdradę Polski i kolaboracje z wkraczającymi oddziałami Armii Czerwonej. W posądzeniach tych było tyle prawdy, że wśród komunistów polskich, którzy rzeczywiście współpracowali z Sowietami, znajdowało się niemało Żydów. W latach 20. i 30. nie dochodziło wprawdzie do zmasowanych pogromów, ale Starozakonni stanowili obiekt ataków i niewybrednych napaści ze strony prasy i organizacji narodowo-nacjonalistycznych. Druga połowa lat 30 tych zaznaczyła się pewną formą antysemityzmu państwowego. Zdominowany przez posłów narodowych w 1936 r. Sejm uchwalił prawo zakazujące uboju rytualnego. Na 1937 rok datuje się także dyskryminacyjne zarządzenia władz dopuszczające do tzw. getta ławkowego (czyli wydzielenia specjalnych miejsc dla studentów żydowskich i nieżydowskich) na wyższych uczelniach. Na tym tle niejednokrotnie dochodziło do ekscesów antysemickich na niektórych uniwersytetach. Nie powiodły się natomiast próby wprowadzenia tzw. numerus clausus. Propagowany w latach 1929-1935 przez środowiska narodowe bojkot sklepów żydowskich doprowadził do upadku wielu rodzinnych firm handlowych. Wielu Żydów powodowanych antysemickimi nastrojami w Polsce, a także biedą, emigrowało wówczas do Palestyny i USA.
W niepodległej Polsce, mimo antysemickich nastrojów społecznych, żydowskie życie kulturalne, społeczne, polityczne i religijne rozkwitło z całą mocą. Działało tu wiele partii politycznych reprezentujących różne nurty judaizmu, wystawiające swoich parlamentarzystów. Były to m.in.: ortodoksyjna partia religijna Agudas Isroel (Związek Izraela), istniejąca od 1919 r., jedna z najsilniejszych i najbardziej wpływowych partii żydowskich w II Rzeczpospolitej, mająca własnych posłów w każdym Sejmie; Organizacja Syjonistyczna w Polsce, tzw. Syjoniści Ogólni, również reprezentowani w Parlamencie; Poalej Syjon Prawica i Lewica – robotnicze partie syjonistyczne prezentujące różne zabarwienia polityczne i różny stosunek do pozostawania Żydów w Polsce, także w parlamencie; Centrum Duchowe Mizrachi – religijna partia o zabarwieniu syjonistycznym propagująca odrodzenie hebrajskie, także w parlamencie; tzw. Folkiści – postulujący tworzenie żydowskiej autonomicznej siedziby narodowej w Polsce i rozwijanie kultury Jidysz, bez reprezentacji w Sejmie; „Bund” – żydowska partia robotnicza o specyfice socjalistycznej, stawiająca sobie za cel poprawę bytu żydowskich pracowników najemnych. Funkcjonowały wyższe uczelnie religijne zwane Jesziwami – najsłynniejsze z nich w Lublinie przyciągały studentów z całej Europy. Prężnie rozwijała się kultura w językach jidysz, hebrajskim i polskim. Działało wiele żydowskich teatrów, wytwórni filmowych, kabaretów. W 1928 roku wydawano około 200 tytułów prasy żydowskiej we wspomnianych trzech językach.
Przed wybuchem II Wojny Światowej Polskę zamieszkiwało 3 mln. 300 tys. Żydów, co stanowiło ponad 10% populacji. Po wkroczeniu do kraju wojsk niemieckich i rozpoczęciu okupacji hitlerowcy przystąpili do planowej eksterminacji narodu żydowskiego. Przyczyną wyboru Polski, jako miejsca wymordowania Żydów nie był występujący tu antysemityzm lokalnych społeczności. Faktycznie, pewna część Polaków żywiła nastroje antysemickie, lecz widząc na własne oczy prześladowania Żydów i gdy sami stali się przedmiotem deportacji, masowych aresztowań, obozów koncentracyjnych i masowych egzekucji, zmienili swoje nastawienie. Głównym powodem wyboru Polski był fakt, że spośród wszystkich europejskich Żydów przeznaczonych do eksterminacji, w Polsce było ich najwięcej. Niemieckie linie kolejowe były już przeciążone z powodu wojny. Znacznie łatwiej było zbudować obozy zagłady w Polsce i przywieźć Żydów z okolicznych terenów, niż transportować ich koleją do Francji lub na Węgry. Największy z takich obozów, oświęcimski, ulokowano w pobliżu granicy niemieckiej, aby skrócić drogę Żydów z Węgier, Francji i Włoch. Polska została również wybrana z tego powodu, iż względnie łatwo można było tu taką działalność zatuszować.
Najwcześniej, bo już w 1939 roku wprowadzono w Polsce nakaz specjalnego oznaczenia Żydów i przedsiębiorstw do nich należących poprzez żółtą Gwiazdę Dawida noszoną w formie opaski na ramieniu, przyczepianą do ubrania na piersiach lub przyklejaną na szyldach firm i oknach wystawowych sklepów. Ta upokarzająca forma naznaczenia była dopiero wstępem do dalszej eksterminacji. Nakazem administracyjnym odbierano Żydom wszelką własność, przejmowano ich fabryki, hurtownie, sklepy i warsztaty, blokowano konta bankowe konfiskując zgromadzone na nich środki. Już w listopadzie 1939 r. władze okupacyjne nakazały utworzenie Judenratów, czyli żydowskich Rad Starszych mających reprezentować lokalną społeczność Starozakonnych wobec Niemców, a przede wszystkim czuwać nad planowym wykonywaniem poleceń hitlerowców. Zrezygnowano z planowanego utworzenia specjalnych rezerwatów żydowskich na Lubelszczyźnie czy Madagaskarze, natomiast już na początku roku 1940 przystąpiono do tworzenia gett – zamkniętych obszarów miasta, gdzie gromadzono ludność żydowską . Na ziemiach polskich powstało ich ok. 400 (największe w Warszawie, Łodzi, Krakowie). Stłoczona w gettach ludność żyła w tragicznych warunkach - pozbawiona źródeł utrzymania, podstawowych środków do życia wyprzedawała swoje majątki, by przeżyć. Wielu ludzi umierało po prostu z głodu. Wtedy to rozwinął się szczególny rodzaj wymiany handlowej pomiędzy gettem a tzw. stroną aryjską – szmugiel. W jedną stronę przerzucano sprzedawane przez Żydów dobra i wytwory ich pracy, w drugą natomiast żywność – najbardziej pożądany towar. Należy pamiętać, że opuszczenie getta bez ważnej przepustki karane było śmiercią. Również ukrywanie się po stronie aryjskiej groziło rozstrzelaniem. Fatalne warunki higieniczne, ciasnota i głód doprowadzały do epidemii (m.in. tyfusu) dziesiątkujących mieszkańców gett. Niedożywienie, tragiczne warunki pracy i okrucieństwo nadzorców sprawiały, że śmiertelność w tych obozach nierzadko przekraczała 50 %. Już w 1940 r. przystąpiono do „oczyszczania” terenów dawnej Polski z Żydów. Najwcześniej wysiedlano getta istniejące na dawnych zachodnich ziemiach polskich włączonych do Rzeszy. W dalszej kolejności „oczyszczano” mniejsze getta w Generalnej Guberni, ich mieszkańców przewożąc do gett większych, np. w Warszawie czy Łodzi. Podczas tych akcji wysiedleniowych dochodziło do prawdziwych masakr, podczas których ginęły setki Żydów. Rozpoczęcie prze Hitlera realizacji Fall Barbarossa inwazją na Związek Sowiecki w 1941 r. wyznaczyło kolejny etap zagłady Żydów. Specjalne grupy SS (tzw. Einsatzgruppen), podążające za armią, dokonywały masowych mordów na ludności żydowskiej, zamieszkującej dawne wschodnie rubieże Rzeczpospolitej, zajęte w 1939 r. przez Armię Czerwoną. Do końca 1941 r. wymordowano ponad 500 tys. Żydów.
Jako, że wojna wkraczała w nowy etap planiści hitlerowscy przystąpili do projektowania najtańszego a jednocześnie maksymalnie efektywnego „Ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej” (Endlösung den Judenfrage). W lutym 1942 r. na konferencji w berlińskiej rezydencji przy Wannsee ustalono plan wymordowania milionów europejskich Żydów. Jeszcze przed berlińską konferencją w grudniu 1941 r. utworzono pierwszy „pokazowy” ośrodek masowych mordów Żydów w Chełmnie nad Nerem. Mordów dokonywano tam wykorzystując spaliny wytwarzane przez samochodowe silniki Diesla. Od 1942 wykonując polecenia hitlerowskiego kierownictwa przystąpiono do tworzenia ośrodków masowej zagłady. Powstały „fabryki śmierci” w Bełżcu, Sobiborze i Treblince. Niemcy szybko przekonali się, że mordowanie Żydów za pomocą spalin jest „wysoce nieefektywne”. Opracowano więc metodę używania do tego celu Cyklonu B – toksycznego gazu przeznaczonego pierwotnie do dezynsekcji. Powstały jedne z najbardziej znanych i przerażających „fabryk śmierci” w Oświęciumiu-Brzezince i na Majdanku, gdzie niemalże „taśmowo” mordowano Żydów. Ginęli tam nie tylko Żydzi polscy, ale również dowożeni do GG z innych krajów okupowanej przez Hitlera Europy. Zastraszeni i terroryzowani Polacy nie mogli przeciwstawić się tej destrukcyjnej działalności, a względna izolacja okupowanych terenów ułatwiała jak najdłuższe ukrywanie tych potworności przed światem. Największe z ośrodków Zagłady mordowały dziennie od 6 do 8 tys. ludzi. W 1942 roku Hitlerowcy przystąpili do likwidacji największego w GG, bo ponad półmilionowego, getta w Warszawie. W wyniku wielkiej akcji deportacyjnej, latem tego roku, wywieziono i wymordowano ponad 300 tys. Żydów z Warszawy i innych przesiedlonych do stolicy gett. We wszystkich obozach śmierci znajdujących się na ziemiach polskich pozbawiono życia ok. 4 mln. Żydów i osób pochodzenia żydowskiego z Polski i całej Europy (wg hitlerowskich Ustaw Norymberskich za Żyda uważano osobę mającą żydowskich przodków do trzeciego pokolenia wstecz).